小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，……
为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续在世界各地旅行。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，在比赛的……
三日月・奥格斯所属的铁华团，在从护送古荻莉亚・蓝娜・伯恩斯坦到地球时，在阿布罗代表提名选举中一战成名。他们在那场战斗中揭露了加拉尔霍恩的腐败，虽不明显但世界正因此确实地改变着。藉由和阿布罗交涉所获得的……
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来……
