公元2220年，曾经为了保护地球和人类的大和号已在水瓶之海中沉睡了17年之久。而经历了较长一段和平时期的地球，却正面临最大的危机。一个代号为“小瀑布”的黑洞以极快的速度向太阳系靠近，人类赖以生存的蓝色……

『宇宙戦艦ヤマト2』で、ヤマトと別れたデスラーが新天地を探す旅に発つ前に寄ったガミラス星から始まる。暗黒星団帝国がガミラシウムを採掘していた。これに怒ったデスラーは攻撃を加え、交戦の結果、ガミラス星が……